二氧化氯的最后分解产物是水、氧气，以及少量氯化钠、氯化镁等，不会对人类健康造成危害。二氧化氯消毒剂使用前10-15分钟分左右需要活化，活化时浓度较高建议操作人员不要直接冲着活化的容器。因为二氧化氯最有挥发性浓度太高会有呛人的气味对呼吸道有刺激，但低浓度的二氧化氯消毒剂不会对人体有任何伤害。