用二氧化氯消毒替代液氯消毒，可使水中三卤甲烷生成量减少90％，因此用二氧化氯消毒能有效控制饮用水中有机卤代物等致癌致突变物的生成，二氧化氯消毒，其有机副产物是安全无害的。

　　 二氧化氯在消毒过程中伴随着无机副产物亚氯酸钠（ClO2－）和氯酸盐（ClO3－）的形成，因此在评价二氧化氯消毒的安全性时，亚氯酸盐和氯酸盐的毒性必须予以考虑。美国二氧化氯专家小组经两年研究亚氯酸盐对小鼠的二代繁殖与发育影响结果表明，没有产生任何有意义的不利影响，这使二氧化氯消毒的安全性有了更充分的保证。