1. 养殖池的清塘消毒 一般在池塘清除池底淤泥、曝晒后，每亩用一元稳定性二氧化氯1千克进行消毒，若在水泥池，可先将二氧化氯充分溶解于水后，喷洒池塘四周。
2. 各种水产动物消毒 采用稳定性二氧化氯对鱼体和其他水产动物消毒可利用浸泡法进行。首先按水体的体积准确定量投入稳定性二氧化氯搅拌均匀后，将水产动物投放其中浸泡，其用量为2-3克/米3，浸泡时间约为5-10分钟，可有效地预防各种传染性疾病，提高水产养殖动物的成活率。此外，用2-4克/米3水体的稳定性二氧化氯溶液浸泡鱼类的受精卵15-20分钟，可大幅度降低受精卵上附着真菌的数量，预防水霉病的发生，提高受精卵的孵化率。
3. 养殖水体消毒 一元稳定性二氧化氯不仅能有效杀灭水中致病微生物，而且还能水体中的硫化氢、有机物等发生反应，从而达到除臭、净化水质的目的，预防各种疾病的发生。对于水深1米的养殖池，每亩全池泼洒一元稳定性二氧化氯80-150克，一般每月投药1-2次。
4. 水产养殖动物病毒性和细菌性疾病的防治 当水产养殖动物发生细菌性和病毒性疾病时，可全池泼洒一元稳定性二氧化氯0.2-0.3克/米3，即水深1米的养殖池，每亩用二氧化氯150-200克。病情严重时可隔天再泼洒一次，同时一元二氧化氯对真菌及部分寄生虫所引起的疾病如水霉病、烂鳃病、赤鳍病等也有很好的防治效果。
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